Nace en Copacabana, provincia Omasuyos. De acuerdo a documentos y testimonios de la época desempeñó un rol destacado en la rebelión indígena de los Valles de Sica Sica (La Paz), Leque y Tapacarí (Cochabamba), que se mantuvo activo entre 1781 y 1782. Por su rol en el levantamiento es considerada como la "tercera y última generala del levantamiento" de aquellos años (Ari, 2017:74). Isabel Huallpa creía que "subsistiendo en la Guerra se liberarían de los españoles", motivo por el que instaba a los indígenas a sumarse a la rebelión en base a "su deseo de alzarse contra el Rey y la Patria", bajo la promesa de "la pronta venida del Inga [Inca]", personificada en la figura de Tomás Katari (Marino, 2000:314). Conocida también como la "T’alla", desempeñó varias funciones durante el alzamiento, desde ordenar confiscaciones, administrar dinero y joyas, pagar a informantes y mantener correspondencia con los indígenas de los pueblos aledaños, a fin de conocer los movimientos del ejército realista, hasta comandar a las huestes rebeldes junto a su hijo Pablo Silvestre Choquetiqlla y otros líderes.

A inicios de 1782, el teniente coronel español José de Reseguín quedó encargado de sofocar la revuelta comandada por Carlos Silvestre Choquetiqlla —originario de Mohoza— en los valles de La Paz y Cochabamba, con quien Isabel estaba casada. Para entonces, la gran sublevación comandada por Tupac Katari y Bartolina Sisa había sido sofocada. Fueron las tropas comandadas por Sebastián de Segurola las que dieron muerte a Choquetiqlla en mayo de 1782, en la batalla de Usi. Desde entonces, Isabel Huallpa dio continuidad a la sublevación y asumió el liderazgo.

De los testimonios de los sublevados que fueron apresados y de la sentencia que fue dada contra aquella, se puede concluir que, "como viuda del curaca y principal líder de la revuelta, los indígenas la veían como su sucesora legítima y no caben dudas que utilizó este derecho abrogándose el poder político que le correspondía. Hablamos de poder político porque está claro en el documento que estos líderes no movilizaban simplemente una banda armada, ni estaban encabezando un levantamiento espontáneo; sino que la población que controlaban estaba muy bien organizada tanto política como militarmente" (Marino, 2000:311). Se puede mencionar también que incluso Isabel instauró su ‘cabildo’ en la estancia de Quiñuani.

A inicios de junio, Reseguín cruzó la cordillera de Toco y recién en los altos de Quiñuani los rebeldes —principalmente mujeres— los enfrentaron. Los indígenas, superados en número, huyeron a los altos de Lico y a las montañas de Ucumarini, vecinas al pueblo de Quime (La Paz). En esas localidades se fortificaron y prepararon una nueva ofensiva, logrando que el ejército realista retrocediera al inicio, para ser vencidas finalmente. A mediados de julio las tropas de Reseguín consiguieron sorprender a las rebeldes en la falda de un cerro, logrando apresar a los líderes de la revuelta (Puente, 2011:112).

La sentencia de muerte, elaborada por Reseguín junto al abogado de la Real Audiencia de Charcas y Asesor del ejército, Francisco Idiaques, contra Isabel Huallpa y otros líderes decía: "Vistos en estos Autos fallamos que debemos condenar y condenamos a Isabel Guallpa a Pablo Silvestre Choquetiqlla a Alejo Pañuni, y a Julian Fernandes a la pena de Horca correspondiente por el grabe delito de rebelión que fomentaron contra el Rey, y la Patria. Y para que sirva de escarmiento este castigo, y no osen otros rebelarse, ni hacerse caudillos serán arrastrados estos Reos hasta el suplicio a la cola de un caballo, descuartizandosele a la Rea Isabel, cuios respectibos trosos se clabaran en Picotas en los lugares donde frecuentaba sus Juntas de sedicion a saber la cabeza en el Pueblo de Mohoza, un Braso en la Hazienda de Ajamarca, y otro en la de Quinuani, un Pie en el Pueblo de Inquicive, y otro en el de Cabari..." [sic] (Marino, 2000:306).

A pesar de la brutalidad con la que los españoles ejecutaron a los principales líderes de las sublevaciones indígenas, con la finalidad de disuadir y atemorizar a sus seguidores, la resistencia continuó espontáneamente durante 1782, prolongándose hasta mediados de 1783.