Nace en La Paz, fruto del matrimonio del reconocido jurisconsulto José Indalecio Calderón y San Ginés (Casa de la Libertad, s/f) y Manuela Uriarte. Ambos tuvieron una activa participación en la lucha por la independencia, llegando Indalecio a ser miembro de la Junta Tuitiva de 1809 y siendo el único sobreviviente de la revolución del 16 de julio de aquel año. Indalecio Calderón fue una de las personas que firmó el Acta de Independencia en 1825 (Montaño, 2004:53).

La ventajosa situación económica de su familia, permitió a Modesta estudiar francés, italiano y música con profesores particulares, así como asistir con catorce años al Colegio de Niñas de la célebre educadora argentina Dámasa Cabezón. Transgrediendo las tradiciones de la época, Modesta decide mantenerse soltera y dedicarse por completo a la música, poesía, cuento, traducción, periodismo, a la filantropía y a administrar sus haciendas —una cerca de Pucarani y la otra en el Lago Titicaca—. Estas actividades le permitieron, entre otras, incursionar ampliamente en el espacio público —espacio reservado predominantemente a los varones—, tener independencia económica y establecer una estrecha relación con el mundo indígena.

Con los años, la “alondra boliviana”, como también fue conocida, no solo se convirtió en una prodigiosa música e intérprete del piano, considerada como la mejor compositora de música del siglo XIX, sino que también es considerada precursora del periodismo femenino, así como del feminismo en Bolivia.

Francisco J. Molina —notable músico, violinista y compositor boliviano del siglo XIX— juzgó así la obra de Modesta: “Sus apreciables y tiernas composiciones, que hemos tenido la suerte de encontrar algunas impresas en París y las más inéditas, nos demuestran el grado de sus conocimientos y su alma de artista…Una colección inédita de ellas, que data desde 1864 hasta una de las últimas del año 80, titulada El Alto de la Alianza, revela su inmensa y apasionada labor artística; pues compuso como pocas, más de cincuenta obras de todo género” (Urquidi, 1919:27); entre las que se cuentan “mazurcas, vals, galopas, villancicos”, que fueron publicadas cuando Modesta apenas tenía 26 años (Blanco, 2012).

Entre sus composiciones se pueden mencionar “La plegaria a Jesús Crucificado”, “Cantos a la Virgen”, “Villancicos”, variaciones sobre el tema del Himno Nacional, “La Brisa del Uchumachi”, “Arroyuelo”, “Recuerdo de los Andes”, “Pensamiento” y “Zapateo Indio”. Esta última composición reviste particular importancia porque la consagra no solo como pionera del folklore, sino también como alguien que tendió puentes entre el “mundo blanco” y el “mundo indígena”. En Zapateo Indio, así como en otras composiciones, Modesta incorporó elementos nativos, algo extraño para su época, ya que la oligarquía se enfocaba en asimilar la música europea y subestimar la nacional (Montaño, 2004).

Entre su producción literaria se cuenta la leyenda histórica titulada “El Desertor”, así como, “Las Dos Claras” y el “Hijo del Cóndor”. Al igual que en la música, como escritora se acercó a la “cultura boliviana, a las costumbres de diferentes regiones del país y hasta se puede decir que se aproximó un tanto al naturalismo y a la antropología”, dando especial atención al indígena y a sus difíciles condiciones de vida (Montaño, 2004). 

Una de las traducciones más conocidas es la del folleto escrito por Guillet Damitte, “Trabajos de aguja - Nociones elementales de economía doméstica – Sencillas preparaciones para alimentos”, publicada en 1874. Si bien el trabajo de traducción “muestra una temprana inclinación intelectual de Modesta y su interés por favorecer con sus conocimientos a sus contemporáneas (…) [a su vez,] reprodujo en sus páginas la mentalidad de su época, que establecía que los quehaceres domésticos debían ser cumplidos exclusivamente por mujeres” (Montaño, 2004:77).

En 1863, junto a Bernardino Sagárnaga, Modesta funda la Sociedad Filarmónica de La Paz. En el ámbito periodístico participó en el periódico “Jardincito de María” (1875), que luego se convirtió en el Semanario Católico (1878) (Blanco, 2012); del cual estuvo en la dirección por cinco gestiones. Modesta también fue reconocida por su labor educativa, al enseñar idiomas, y por su dedicación filantrópica, siendo miembro de la Sociedad de Beneficencia. En este transcurso, por ejemplo, mandó construir una sección del Hospital Loaiza, dedicó parte de su tiempo a la atención de adultos mayores, huérfanos e indígenas y, durante la Guerra del Pacífico, formó parte activa de los conciertos que se organizaron en el Teatro Municipal a fin de recaudar fondos.

Por razones de salud pasó sus últimos años en París, falleciendo en esa ciudad.